因為大教堂在1642年英國內(nèi)戰(zhàn)期間遭受了破壞，當時奧利弗·克倫威爾的士兵在整個建筑物內(nèi)橫沖直撞，打破了彩色玻璃窗。在后來的修復(fù)工作中，藝術(shù)家們采用隨機拼接的方式，將圖案拼湊在一起，形成馬賽克瓷磚一樣的視覺效果。

教堂的另外一個重點是彩色玻璃，在教堂內(nèi)的彩色玻璃都非常特別，用玻璃制作圖像臺凸顯出圣經(jīng)里的人物或是故事，如為基督教徒會被這里的彩色玻璃所吸引，在教堂內(nèi)部總共有56個玻璃窗，31個圓形的玫瑰圖案以及25個彩色幅彩色玻璃窗的精美圖案，但是在這56個玻璃窗只有4個是最完整無瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由當?shù)刂鹘痰木用襁M行一些整修，而這些彩色玻璃窗都是由法國沙特爾省的LorinFirm所制造。
這種神秘體驗的就是那些細而長，嵌滿彩色玻璃，幽暗而神秘的哥特式彩色玻璃花窗——哥特式建筑的顯著裝飾特色之一。而米蘭大教堂的玻璃窗可能是全世界最大的，高約20米，共有24扇，主要以耶穌故事作為主題，正中的太陽光彩圖案寓意正義和仁愛，這些彩色玻璃沒有在長達500多年前的風(fēng)風(fēng)雨雨中損毀，至今仍光彩奪目
蘇格認為狄奧尼修斯實際上是圣但尼的守護神，因此他將神圣之光的概念融入他的建筑計劃中，并圍繞著彩色玻璃窗設(shè)計了新的大教堂，圣丹尼斯修道院教堂成為這種新型建筑的原型，除了被認為是神圣的光之外，彩繪玻璃和哥特式雕塑一起被稱為“窮人圣經(jīng)”的一部分，因為彩繪玻璃的另一個目的是向文盲傳授圣經(jīng)故事
英國哥特式教堂的高聳立面與玻璃設(shè)計相結(jié)合，風(fēng)格獨特而鮮明。而玫瑰窗從相對簡單的窗戶發(fā)展而來，圓形的窗戶嵌入彩色玻璃繪畫，透光形式絢麗。彩繪玻璃花窗作為教堂采用的一種重要的布道方式，通過人物形象的描繪，向廣大識字率低的民眾傳達《圣經(jīng)》故事以及歷史傳奇。
到中世紀，歐洲各地無數(shù)天主教教堂中都可以發(fā)現(xiàn)彩色玻璃窗。但是，直到12世紀，這些窗戶還是相對簡單，規(guī)模較小，并用厚鐵框架勾勒出輪廓。這是因為羅馬式建筑（一種以厚壁和圓形形式為特征的風(fēng)格）主導(dǎo)著建筑品味。